Rosena Chantelle Allin-Khan dilahirkan di Tooting.[3][4] Ibunya yang berbangsa Poland merupakan penyanyi kumpulan gadis Poland, Filipinki, yang bertemu dengan bapanya, berasal dari Pakistan, ketika kugiran itu sedang berkunjung ke London.[5] Pasangan ini dipisahkan selepas mempunyai dua anak, dan ibu Allin-Khan mempunyai tiga pekerjaan untuk menyaranya dan abangnya.

Beliau berpendidikan di Sekolah Trinity St Mary.[6] Beliau belajar biokimia perubatan di Universiti Brunel, membiayai pendidikannya melalui beberapa siri kerja sambilan.[5] Beliau melanjutkan pelajaran ke perubatan di Kolej Lucy Cavendish, Cambridge, yang dibiayai oleh biasiswa.